 Các nhân viên trại Detrick tiến hành thí nghiệm vũ khí sinh học ngoài trời. |
Sau đó, Baldwin có những bất đồng với quân đội. Tướng Rollo Ditto phàn nàn rằng, tiến độ công việc ở nhà máy Vigo diễn ra quá chậm chạp nên ông quyết định thay thế kỹ sư thân Baldwin bằng một người khác hoàn toàn không có chút kinh nghiệm nào về công nghệ sinh học. Đáp lại, Baldwin yêu cầu không phải chịu trách nhiệm kỹ thuật đối với công trình. Ditto buộc phải xuống thang, vẫn cử người đại diện của mình tới Vigo, nhưng đặt người này dưới sự chỉ đạo của kỹ sư thân Baldwin.
Trong một cuốn sách lịch sử nghiên cứu về bệnh than xuất bản năm 2001, phóng viên H.P.Albarelli đã viết rằng: "Baldwin đã phải chịu những áp lực ngày càng lớn từ mong muốn của quân đội đẩy mạnh việc sản xuất vi khuẩn gây bệnh than. Baldwin ít có tâm huyết với việc phát triển vi khuẩn này thành một loại vũ khí. Các nhà khoa học do ông lựa chọn cũng chia sẻ quan điểm tương tự như vậy. Bởi một trong những nguy hiểm nhất của việc sử dụng vi khuẩn gây bệnh than là khả năng tồn tại lâu dài của nó - những bào tử bệnh than có thể tồn tại âm ỉ hàng thập kỷ. Người Anh đã biết được điều này thông qua những trải nghiệm của họ ở đảo Gruinard". Cuối cùng, do thường xuyên lép vế trong việc bảo vệ quan điểm không phát triển loại vi khuẩn gây bệnh than, bị một số người xunh quanh ghen tị về địa vị dân sự của mình, mùa xuân năm 1945, Baldwin đã xin từ chức, về Winconsin sống và trở thành hiệu trưởng của một trường đại học ở đây.
Tuy nhiên, Baldwin vẫn tham gia chương trình vũ khí sinh học. Trong vai trò là chủ tịch Ủy ban chiến tranh sinh học, ông tiếp tục bày tỏ sự quan ngại rằng những kẻ phá hoại có thể sử dụng các độc tố sinh học để đe dọa nước Mỹ, có lẽ bằng cách phát tán những vi khuẩn gây bệnh vào không khí. Tháng 10/1948, Baldwin đã kiến nghị rằng các hệ thống thông gió, nguồn nước và các hệ thống tàu điện ngầm nên được kiểm tra bằng những vi khuẩn không gây độc hại để xem các điều kiện môi trường ảnh hưởng như thế nào tới chúng. Một trong những cuộc thử nghiệm như vậy đã diễn ra tháng 9/1950, khi những quân nhân thuộc lực lượng lục quân và hải quân trên một con tàu ngoài khơi cách bờ biển Vịnh San Francisco hai dặm phun hai loại vi khuẩn vào trong không khí. Họ sử dụng khuẩn hình que bởi vì nó hình thành nên các bào tử tương tự như khuẩn than và khuẩn Serratia và sắc tố màu đỏ của nó khiến cho người ta dễ dàng theo dõi.
Sau khi các đợt thử nghiệm được công bố rộng rãi trước công chúng vào năm 1977, những người trong gia đình của một người đàn ông 75 tuổi bị chết vì bệnh viêm phổi vào thời điểm diễn ra các cuộc thử nghiệm đã kiện chính phủ. Họ cho rằng chính những vi khuẩn đem ra thí nghiệm là nguyên nhân dẫn đến cái chết của người đàn ông này. Nhưng các phiên toà đều đưa ra những quyết định có lợi cho chính phủ. Tuy vậy, một vài loại vi khuẩn sử dụng trong các thí nghiệm, bao gồm cả vi khuẩn Serratia, lúc đó được coi là vô hại thì nay lại được xem như là tác nhân thỉnh thoảng gây nên những bệnh viêm nhiễm, đặc biệt là đối với những người có hệ thống miễn dịch bị tổn thương.
Bất chấp những bất đồng và nguy hiểm tiềm ẩn, công việc liên quan đến vũ khí sinh học của Baldwin không làm tổn hại gì đến sự nghiệp học thuật cũng như sức khoẻ của ông. Ông lặng lẽ qua đời tại ngôi nhà của ông ở Tucson, bang Arizona vào năm 1999, thọ 103 tuổi. Trong bản cáo phó đọc trong đám tang Baldwin, người ta ít nói tới vai trò của ông trong việc chế tạo vũ khí sinh học. Bởi khó có thể coi đó như một chiến công vì thứ vũ khí mà Baldwin theo đuổi quá nguy hiểm và đáng ra nên bị cấm từ khi mới manh nha.
